A Copa do Brasil vai começar dia 8 de fevereiro e terminará no dia 12 de outubro, com 23 datas disponíveis. Serão oito fases: cinco no primeiro semestre e três no segundo. As duas primeiras fases serão em jogos únicos, utilizando-se quatro datas, duas por fase. Os times classificados à Copa Libertadores entrarão nas oitavas de final (que a partir deste ano será a quinta fase), assim como os campeões da Série B, da Copa do Nordeste e da Copa Verde de 2016. Além disso, a classificação para a Copa Sul-Americana volta a ser definida através do Campeonato Brasileiro, do 7° ao 12° colocado, e não mais com as seis equipes mais bem posicionadas no torneio e eliminadas até a terceira fase da Copa do Brasil. Assim, a partir desta edição, os times que disputam a Copa Sul-Americana poderão disputar a Copa do Brasil.