O Campeonato Baiano de 2012 será disputado em três fases - Classificação, Semifinal e Final.
Na primeira fase, as 12 equipes se enfrentarão no sistema de ida e volta, em grupo único, classificando-se para as Semifinais as quatro primeiras colocadas.
As duas últimas colocadas estarão automaticamente rebaixadas para a Segunda Divisão.
Na fase Semifinal, o 1º e 2º colocados enfrentarão o 4º e 3º colocados, respectivamente. Os confrontos serão de ida e volta, e as equipes com melhor campanha na fase anterior decidirão em casa com a vantagem de jogar por empate no placar combinado.
A Final será disputada pelos dois clubes vencedores do confronto semifinal. O time com melhor campanha em todo o certame, incluído o desempenho na fase anterior, jogará a segunda partida em casa com a possibilidade de ser campeão em caso de igualdade no placar combinado.
As equipes eliminadas nas semifinais disputarão o "3º lugar", que também --assim como campeão e vice-- terá vaga no Campeonato do Nordeste 2013.
Em todas as fases, os critérios de desempate são os seguintes:
1 - Maior número de vitórias
2 - Maior saldo de gols
3 - Maior número de gols marcados
4 - Maior número de pontos ganhos no confronto direto
5 - Maior saldo de gols no confronto direto
6 - Menor número de cartões vermelhos
7 - Menor número de cartões amarelos
8 - Sorteio.
| Time | PT | V | SG | |
| 1º | Juazeiro | 10 | 3 | -4 |
| 2º | Bahia | 8 | 1 | -3 |
| 3º | Botafogo | 4 | 1 | -14 |
| 4º | Feirense | 3 | 1 | -8 |