O Campeonato Baiano 2016 será disputado por 12 clubes em quatro fases: Classificação, Quartas de Final, Semifinal e Final.

Na primeira fase, os 12 clubes serão divididos em 2 grupos de 6, se enfrentando em jogos de ida, grupo contra grupo. Os 8 primeiros colocados, independentemente de grupos, classificam-se para as Quartas de Final. O Grupo 1 será composto pelo Bahia de Feira, Colo Colo, Flamengo, Galícia e Juazeirense. O Grupo 2 será composto por Bahia, Feirense, Fluminense, Jacobina, Jacuipense e Vitória da Conquista.

Na fase Quartas de Final, os 8 classificados se enfrentaram em sistema de mata-mata, em jogos de ida e volta. Os confrontos serão: 1º x 8º, 2º x 7º, 3º x 6º e 4º x 5. O mando de campo e a vantagem da disputa dentro de cada confronto, em caso de empate no "jogo de 180 minutos", pertencerá ao clube melhor colocada na fase de classificação, ou seja, o 1º Colocado leva vantagem sobre o 8º, o 2º sobre o 7º, o 3º sobre o 6º e o 4º Colocado sobre o 5º.

Na fase Semifinal, os classificados das Quartas de Final se enfrentam em jogos de ida e volta, e as equipes com melhor campanha na soma das fases anteriores decidirão em casa com a vantagem de jogar por empate no placar combinado.

A Final será disputada pelos dois clubes vencedores do confronto semifinal. O time com melhor campanha em todo o campeonato jogará a segunda partida em casa com a possibilidade de ser campeão em caso de igualdade no placar combinado.

Em caso de empate em pontos ganhos entre duas ou mais equipes em qualquer uma das fases, os critérios de desempate são, nesta ordem:

a) Maior número de vitórias; b) Maior saldo de gols; c) Maior número de gols marcados; d) Maior número de pontos ganhos no confronto direto; e) Maior saldo de gols no confronto direto; f) Menor número de cartões vermelhos recebidos ao longo da competição; g) Menor número de cartões amarelos recebidos ao longo da competição; h) Sorteio.